Die acht Lerngruppen der Johannes-Brenz-Schule sind altersgemischt und inklusiv. Diese setzen sich entgegen konventioneller (altershomogener) Schulklassen aus insgesamt 24 Kindern der ersten bis vierten Jahrgangsstufe zusammen. In jeder Lerngruppe sind die vier Altersstufen nach Möglichkeit mit jeweils sechs Kindern vertreten. Jede Lerngruppe wird geleitet von einem/einer Lerngruppenlehrer*in.
Die Lehrkraft/Lehrkräfte bildet/en zusammen mit den zwei sozialpädagogischen Fachkräften der zugehörigen Hortgruppe das Lerngruppenteam.